Latar belakang didirikan SD Muhammadiyah Birrul Walidain Kudus yaitu adanya cita-cita bersama untuk mewujudkan generasi yang birrul walidain. Terlebih adalah menjawab keinginan orang tua siswa dari TKAT Birrul Walidain Kudus yang telah lulus menginginkan adanya keberlanjutan di jenjang berikutnya yakni SD dengan harapan agar pendidikan yang sudah diajarkan tetap berkesinambungan dan berkelanjutan. Tantangan keadaan saat kini telah melahirkan kegelisahan masyarakat terhadap masa depan anak-anak mereka, pengurus Birrul Walidaian bersama Majelis Pendidikan Dasar dan Menengah Pimpinan Cabang Muhammadiyah Kota Kudus mencoba mengakomodir hal tersebut. Aspirasi dan ekspektasi dari keduanya lalu bersatu menjadi upaya bersama mendirikan sekolah dasar yang diberi nama SD Muhammadiyah Birrul Walidain agar bisa mencetak kader-kader yang unggul baik moral maupun intelektual.

SD Muhammadiyah Birrul Walidain Kudus diresmikan pada Hari Ahad, 12 Juni 2011 oleh Kabid. Dikdas Dinas Pendidikan dan Olahraga Kudus. Tahun pertama dengan jumlah 10 siswa kemudian di tengah-tengah perjalanan jadi 12 siswa sebagai generasi BW Pertama. Tepat pada tahun 2017  meluluskan 12 anak alhamdulillah meraih peringkat UN ke 8 Tingkat Kecamatan Kota, Kudus.  Setelah meluluskan siswa-siswi generasi pertama sekolah mengajukan akreditasi kepada Dinas Pendidikan Olahraga dan Kepemudaan Kab. Kudus, alhamdulillah dengan kerja keras semua pihak yang selalu mendukung kemajuan kami, sekolah berhasil terakreditasi dengan nilai A (Unggul) dikeluarkan oleh Badan Akreditasi Nasional Sekolah/Madrasah (BAN S/M) pada tanggal 9 November 2017 dengan SK Penetapan 165/BAPSM/XI/2017.

Nama “Birrul Walidain” merupakan sebuah i’tikad dan do’a serta harapan Harapannya sekolah ini bisa menjadi sekolah unggulan referensi para orang tua dan menjadi sekolah terbaik di Kudus, Jawa Tengah, Nasional bahkan Internasional. Sekolah yang terletak di tanah wakaf Ranting Muhammadiyah yang beralamat di Jl. Mejobo Mlatinorowito Gang 10 RT.03 RW.09 Kecamatan Kota Kabupaten Kudus 59319.

Tahun 2019 SD Muhammadiyah Birrul Walidain Kudus dinobatkan sebagai Sekolah Unggulan Muhammadiyah Jawa Tengah oleh Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Jawa Tengah.